Először is, bár mindkét típusú víztisztító képes megtisztítani a vízszennyeződéseket, a tisztítási elveik nem ugyanazok. Az RO fordított ozmózisos víztisztító belsejében RO fordított ozmózisú membrán található. Nyomás hatására a víz átjuthat az RO membránon, míg a szennyeződéseket, például a szervetlen sókat, nehézfém-ionokat, baktériumokat és vírusokat a fordított ozmózisú membrán blokkolja.

Az ultraszűrős víztisztítók belső ultraszűrő membránjukon keresztül tisztítják a vízforrást. A nyomáskülönbség hatására a vízforrás átjuthat ezen a membránrétegen, és kiszűrheti a szennyeződéseket.

A kétféle, eltérő tisztítási módszert alkalmazó víztisztító típus elve szerint bizonyos különbségeket mutat a tisztítási pontosságban. Az RO fordított ozmózisos víztisztító belsejében RO membrán található, és ennek a membránnak a pórusai olyan kicsik, mint a nanométeres szint. Még az apró vírusok és baktériumok is ezerszer nagyobbak, mint az RO membrán pórusai. Ezért az RO membránon áthaladó víz alapvetően csak vizet tartalmaz, más elemeket nem, a szűrt víz pedig közvetlenül iható vagy forralható.

Az ultraszűrős víztisztító belsejében ultraszűrő membrán található, és ennek a szűrőmembránnak a pórusméret-pontossági tartománya 0,01–0,001 μm, ami egy nagyságrenddel nagyobb, mint az RO fordított ozmózisos víztisztítóé. Ugyanakkor az ultraszűrő membrán nemcsak a vizet engedi át, hanem átenged néhány kisebb molekulájú anyagot is, például néhány ásványi elemet.